Cercetările efectuate de corpul didactic se includ în următoarele subdirecţii :

1. Formarea şi perfecţionarea cadrelor didactice în contextul noilor condiţii social-economice şi educaţionale.
2. Probleme fundamentale ale matematici şi informaticii.
3. Fizica teoretică. Fizica corpului solid, microelectronică şi optoelectronică.
4. Resursele naturale ale pământului şi procesele geologico-geofizice pe teritoriul Moldovei.
5. Chimia compuşilor coordinativi.
6. Fiziologia şi biochimia plantelor.
7. Microbiologia.
8. Problemele geneticii şi selecţiei.
9. Studierea, ocrotirea şi folosirea lumii vegetale şi lumii animale (Flora şi Fauna).
10. Studierea, ocrotirea şi folosirea landşafturilor Moldovei.
11. Fiziologia stresului, adaptării şi reproducerii.
12. Studiul dezvoltării istorice, economice, şi a gândirii filozofice în Republica Moldova.
13. Elaborarea bazelor ştiinţifico-didactice, psihologice şi concret-metodice ale instruirii la toate etapele de învăţământ.
14. Cercetarea sistemelor lingvistice şi a legităţilor dezvoltării literaturii naţionale şi universale.

În procesul de efectuare a cercetărilor ştiinţifice participă corpul didactic al universităţii; doctoranzii, masteranzii şi studenţii Universităţii. Tinerii specialişti participă în toate direcţiile şi la toate etapele cercetărilor ştiinţifice efectuate în cadrul Universităţii.

Lucrările de cercetare ştiinţifică în Universitate se în cadrul 10 laboratoare ştiinţifice şi 18 colective de cercetare.

Selectarea problematicii, a strategiilor şi modalităţilor de organizare a investigaţiilor ştiinţifice este prerogativa catedrelor universitare şi a laboratoarelor de cercetări ştiinţifice pe probleme ce integrează eforturile cercetărilor ştiinţifice ale cadrelor didactice.